El Colegio de Bachilleres tiene presencia en todo el estado de Baja California Sur, a través de once planteles oficiales distribuidos en los cinco municipios: 3 planteles en Los Cabos, 3 en La Paz, 2 en Comondú, 1 en Loreto y 2 en Mulegé. También se cuenta con una unidad del Sistema de Enseñanza Abierta ubicadas en La Paz, anexa al plantel 01.
Además, se ha otorgado el Reconocimiento de Validez Oficial de Estudios (RVOE) a ocho escuelas preparatorias particulares, localizadas en Los Cabos (2) y en La Paz (6).
La Dirección General, ubicada en la capital del Estado, a su vez se encuentra organizada en Dirección Académica, Dirección Administrativa y Dirección de Planeación.